Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo, a maior esperança da humanidade, está preso entre a Matrix e a realidade. A maioria da população do planeta permanece em um estado de suspensão da realidade virtual. Os poucos humanos que estão cientes das duras realidades tentam desesperadamente afastar as máquinas a tempo de Neo escapar e salvar o dia. Mas as coisas pioram quando o poderoso programa de computador, Agente Smith, aparece na forma humana.